Budowa tej późnogotyckiej świątyni została zakończona na początku XVI wieku przez zakon Franciszkanów. Wydarzenia związane z reformacją, sprawiły, że 

utworzono tu gimnazjum i pierwszą w Gdańsku bibliotekę. Wiek XIX przyniósł zmiany i kościół wraz z przyległymi zabudowaniami przekształcono w Muzeum 

Miejskie. Franciszkanie odzyskali swoją siedzibę dopiero po II Wojnie Światowej, kiedy to świątynia i otaczające ją budynki, były mocno zniszczone. Warto tu 

zajrzeć, ponieważ kościół Św. Trójcy, wraz z kaplicą Św.Anny, przyciąga swoją skromnością i spokojem. Wnętrza obu budynków pozbawione są przesadnej ilości 

zdobień izłoceń, dzięki czemu dużo bardziej pozwalają skupić sięna tym, co w miejscach tego typu najważniejsze.